Entre as atribuições dos conselhos do Fundeb, estão: Acompanhar e controlar a distribuição, a transferência e a aplicação dos recursos do Fundeb; Supervisionar a elaboração da proposta orçamentária anual, no âmbito de suas respectivas esferas governamentais de atuação; Supervisionar a realização do censo escolar anual; Instruir, com parecer, as prestações de contas a serem apresentadas ao respectivo Tribunal de Contas. O parecer deve ser apresentado ao Poder Executivo respectivo em até 30 dias antes do vencimento do prazo para apresentação da prestação de contas ao Tribunal; e acompanhar e controlar a execução dos recursos federais transferidos à conta do Programa Nacional de Apoio ao Transporte do Escolar e do Programa de Apoio aos Sistemas de Ensino para Atendimento à Educação de Jovens e Adultos, verificando os registros contábeis e os demonstrativos gerenciais relativos aos recursos repassados, responsabilizando-se pelo recebimento e análise da prestação de contas desses programas, encaminhando ao FNDE o demonstrativo sintético anual da execução físico-financeira, acompanhado de parecer conclusivo, e notificar o órgão executor dos programas e o FNDE quando houver ocorrência de eventuais irregularidades na utilização dos recursos.